Esse florescimento, entretanto, causaria constantes atritos com espanhóis e portugueses, que viam com maus olhos a proteção que os jesuítas davam aos índios. Para os colonizadores brancos, as reduções representavam um empecilho à escravização dos índios, e sua independência relativa era considerada uma afronta aos conquistadores.
Além disto, as Missões contavam com imensos rebanhos, que atraíam portugueses e espanhóis e, desde a sua formação, eles atacavam-nas periodicamente em busca de índios, gado e couros.
A cobiça dos portugueses e espanhóis, unida aos interesses políticos das duas coroas ibéricas acabariam por decretar o fim das Missões. Em 1750, através de um tratado firmado entre os dois países, a região das Missões passou à posse de Portugal, em troca da Colônia de Sacramento (que só foi entregue definitivamente à Espanha em 1777).
A ocupação da região missioneira pelos portugueses não se faria, porém, sem resistência por parte dos indígenas. Uma página singular da história do sul do continente se encerraria de forma violenta, com a dizimação de grande parte dos índios e a expulsão dos jesuítas.
Suas cidades, obras de arte, livros -- toda a estrutura montada, enfim -- seriam quase que totalmente arrasados, ficando poucos traços para servirem de documento vivo de uma cultura inigualável por muito tempo.
Mas, apesar disto, as Missões deixaram uma herança preciosa para o Rio Grande do Sul: os rebanhos de bovinos e cavalos. Esses animais, soltos, iriam se multiplicar cada vez mais, tornando o Rio Grande uma área ideal para o desenvolvimento da pecuária.
Isto atraiu o colonizador branco, que passou a se instalar na região, de forma sistemática, a partir de 1726, quando chegaram os primeiros lagunistas com o fito de se estabelecerem em caráter definitivo.